如何使用无法识别的参数&来解决错误？

问题描述

我(在朋友的帮助下)编写了一个python脚本，它允许我：

1. 在多个目录中搜索同名文件
2. 在文件名后追加绝对路径
3. 将所有文件添加到一个目录

这样做是为了避免在使用cp命令时覆盖文件。

最近我尝试使用该脚本，但现在收到如下错误：

python ~/gatherfiles.py —outdir protein_files —trgfile  ./*/protein.faa`

错误：

gatherfiles.py: error: unrecognized arguments: ./GCF_000374525.1_ASM37452v1_genomic.fna_dfast/protein.faa ./GCF_000463742_ASM94337v1_genomic.fna_dfast/protein.faa ./GCF_...etc.

有人知道如何解决此问题吗？

以下是实际脚本：

_all__ = ['gatherfiles']
import os
import glob
import shutil
import argparse

def gatherfiles(outdirpath, trgfilename):
  """
  Args:
  - outdirpath (str): A path to output directory.
  - trgfilename (str): A name of target file. Escape sequence is available (eg. '*.txt').
  """

  # make output dir
  os.makedirs(outdirpath, exist_ok=True)

  # search target file
  paths = glob.glob(trgfilename, recursive=True)

  for path in paths:
    dname = os.path.dirname(path).split('/')[-1]
    fname = path.split('/')[-1]
    shutil.copyfile(path, os.path.join(outdirpath,dname+'_'+fname))

if __name__ == '__main__':
  parser = argparse.ArgumentParser(formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter)

  parser.add_argument('--outdir', type=str, required=True, help='path to output directory.')
  parser.add_argument('--trgfile', type=str, required=True, help='name of target file.')
  opt = parser.parse_args()

  gatherfiles(opt.outdir, opt.trgfile)

我希望新命名的文件存储在输出文件中，而不会被彼此覆盖。

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解决方案

您正在从外壳运行它，它会进行自己的全局扩展。如果要传递参数

./*/protein.faa

对于未展开的程序，您需要对其进行转义以保护其免受外壳程序的攻击，例如。

'./*/protein.faa'

或者，正如Taek所说，您可以更改函数和Arg解析器以接受预先展开的目标路径列表。