Biopython PDB：计算原子与点之间的距离

问题描述

使用典型的PDB文件，我能够使用与Biopython文档中提供的方法类似的方法来计算结构中两个原子之间的距离。如下所示：

from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()

pdb1 ='./4twu.pdb' 
structure = parser.get_structure("4twu", pdb1) 
model = structure[0] 
chain = model['A'] 
residue1 = chain[1] 
residue2 = chain[2]
atom1 = residue1['CA'] 
atom2 = residue2['CA'] 

distance = atom1-atom2 

print(distance)

Biopython中有没有一种方法可以用XYZ坐标计算原子到固定点的距离？如果不是Biopython，解决这个问题的最好方法是什么？谢谢。

---

解决方案

您的原子1对象将坐标存储在coord属性(它是NumPy数组)中，例如

>>> print(atom1.coord)
[ 26.26600075  25.41300011   2.84200001]

如果要计算到空间中另一个点的距离，则需要以类似的格式定义它。

import numpy
x = 1
y = 1
y = 1
v = numpy.array((x, y, z), dtype=float)

然后可以用NumPy计算distance。

distance = numpy.linalg.norm(atom1.coord - v)