Linux常用命令

登入系统

登入后的提示符：

~代表“用户家目录”的意思。 root的家目录在/root, kif的家目录在/home/kif 。 默认root 的提示字符为# ,而一般身份用户的提示字符为$。

Linux Terminal --> ssh ssh username@192.168.4.101

用户

Linux 是一个多用户多任务操作系统。 可以根据用户划分权限。 使用者标识符: UID和GID

一般不建议直接使用root 用户

Linux文件系统

• 目录用“/”表示分级
• 单独的“/”表示根目录
• .** 为隐藏文件或目录
• . 表示当前目录，一般可省略
• .. 表示上一级目录
• 文件不一定需要扩展名
• 基本文件类型有七种



• 个字符代表这个档案是『目录、档案或链接文件等等』
• 当为[ d ]则是目录
• 当为[ - ]则是档案 当
• 为[ l ]则表示为链接档(link file)
• 当为[ b ]则表示为块设备文件，例如硬盘，光盘
• 当为[ c ]则表示为字符设备文件,例如键盘、鼠标
• 当为[ p ]则表示为命令管道文件
• 当为[ s ]则表示为是sock文件



• Linux文件权限

  文件属主、属组及文件权限位

• 文件与路径
  • 路径与相对路径
  • 路径：由根目录(/)开始写起的文件名或目录名称， 例如 “/home/dmtsai/.bashrc ”
  • 相对路径：相对于当前路径的文件名写法。 例如 “./home/dmtsai” 或“../../home/dmtsai/” 等
  • 如果是写程序(shell scripts) ,一般推荐使用路径的写 法
    

个人空间

• /home/username
• 每个用户的个人空间拥有高权限 ，只能在家目录下创建和删除文件

Linux命令行

Linux命令行的基本格式包括三部分： 命令名 命令选项 命令参数

ls

• 作用：列出文件或目录
• ls -a：列出所有文件，包括隐藏文件
• ls -l ：列出文件的详细信息
• -rw-r--r-- 1 liug liug 124 Apr 5 10:27 .bashrc
• -F：在文件后加上类型标识
• “/” ：目录
• “@”：链接
• “*” ：可执行文件

文件移动

• cp (copy)
• cp file path
• cp file1 file2
• cp file1 path/file2
• cp –r filedir path/newfiledir
• mv (move)
• mv path1/file path2/file
• mv file1 file2
• rm (remove)
• rm [options] file1 file2
• 常用参数：
• -i 删除前询问是否真的删除
• -f 删除前不返回任何警告信息，直接删除
• -r 递归式删除，可以删掉整个目录
• 注意： rm删除的文件不能恢复，一定要慎用，尤其是-f参数。例如“ rm -rf * ”这样很容易造成误删的命令应该尽量避免使用。

目录操作
mkdir 创建目录

pwd 显示当前路径

cd 前往其他路径

• . 当前目录


• .. 上一级目录


• / 根目录


• ~ 家目录

文件查看

• cat ：显示文档的所有内容，往往与重定向配合使用，将多个文档串联起来。
• more：分屏显示文件内容。显示过程中按“enter”显示下一行；按“space”显示下一页；按“b”键显示上一页；按“/”键可以执行查找功能；按“q”键退出。
• less -S：分列显示，通过左右键移屏。
• head -n file：显示头几行，n默认为10。
• tail -n file： 显示文件末尾几行，n默认为10。
• grep “keyword” file：显示带有关键字的行。

统计命令

wc 统计文件的字节数、字数、行数

du 文件大小统计

• du -sh dir

df 磁盘空间统计

• df -h

cut

cut：按指定条件从文件的每一行提取字符、字段

• -b： 选择的字节
• d：自定义分隔符
• -f：与-d一起使用，指定显示区域
  

sort

sort：将文本文件内容进行排序

• n：按照数值大小进行排序
• -r：相反的顺序排序
• -t：指定分隔符
• -k：指定区域
  

uniq

uniq：处理重复行, 不加任何参数，去除重复行

• -c：显示每行连续出现的次数
• -d：仅显示连续重复出现的行
• -u：仅显示没有连续出现的行
  

awk

AWK是一种用于处理文本的编程语言工具

awk默认域分隔符：

• 空格或Tab；$0则表示所有域，$1表示个域，$n表示第n个域

-F：指定分隔符
简单的if判断

进程控制

top

• top -u user 只显示某一帐号的进程

ps ps -ef

• 显示所有帐号的进程详细列表 kill

kill -9

• pid(kill -KILL pid)

bg/fg

• 将正在运行的命令转后台或者前台

qdel jobID ----删除某个任务

qdel -u username ------删除某个用户的所有任务
qmod -s jobID ----------挂起某个任务
qmod -us jobID-------- 继续运行某个挂起的任务

更改文件属性

chmod

• chmod nnn file(s) n从0到7，用户、组成员、其他
• 0 ：无任何权限
• 1 ：可执行
• 2 ：可写
• 4 ：可读
• chmod aob file(s)
• a ：u g o
• o ：+ - =
• b ：r w x

eg:

• chmod 700 file 将文件的权限改成用户有所有权限，其他人没有权限


• chmod g+rw file 增加文件组内可读写的权限


• chmod o=rx file 更改文件的权限，使其他用户可读可执行

chown

• chown UID:GID files

压缩和解压缩

gzip (gunzip) ->.gz

tar

• -f 必加参数
• -c 创建备份文件
• -x 从备份文件中还原文件
• -z 调用 gzip/gunzip 来压缩/解压缩文件
• -j 调用 bzip2/bunzip2 来压缩/解压缩文件
• -v 显示命令执行过程
  
• tar -zcvf file.tar.gz file 压缩为file.tar.gz
  
• tar -jcvf file.tar.bz2 file 压缩为file.tar.bz2
  
• tar -zxvf file.tar.gz 解压file.tar.gz
  
• tar -jxvf file.tar.bz2 解压file.tar.bz2
  

特殊符号---流处理

流处理

• 从键盘输入给 Shell 或命令的字符串，命令返回的输出，都可以认为是由字符组成的字符流(streams of characters)
• 程序是按行（line）来处理这些字符流的，在字符流中，用字符 \n 分割成行
  

<：将文件内容作为标准屏幕输入反馈给命令行。

|：管道符，将左边命令的标准输出传递给右边命令作为其标准输入。

>：重定向。可以将字符流进行重定向，要么重定向到指定文件，要么重定向到程序输入 (使用 > 或 >> 将程序输出重定向指定文件)

&：后台符，将一个命令直接放到后台运行。 eg: $ blastall -p blastn -i query -d nr -o result & jobs查看运行情况，转到前台用命令fg %num

nohup：不挂断的运行命令，与&配合使用，运行的程序可以在终端关闭后继续运行，所有输出重定向到nohup.out文件中。

其他命令

find dir -name file

• -amin n 查找系统中后n分钟访问的文件
• -atime n 查找系统中后n天访问的文件
• -cmin n 查找系统中后n分钟被改变的文件
• -ctime n 查找系统中后n天被改变状态的文件
• -empty 查找系统中空白的文件或目录

ln [source] [file or dir]

• -s 对源文件建立符号连接。
• -i 覆盖既有文件之前先询问用户。
  

su user 改变用户

• su - user

asswd 改变密码

history 显示操作历史记录

帮助

man ( manual )

• man 就是用来让使用者在使用时查询指令、系统呼叫、标准程序库函数、各种表格等的使用方法的。

man 的用法如下：

• man 命令(想要查询的命令)
• eg：$man ls

Ctrl+f 后翻一页

Ctrl+B 前翻一页

q 离开

常用的十个

les

less

scp

ssh

cd

cd..

vim