R语言作图——Violin plot

原创：黄小仙

即便小仙同学决定学习R语言来提升自己作图的“逼格”的时候，心中还有有些疑虑的(嘿嘿，我这么懒，可不愿意做无用功了 )。仔细想了想，貌似又找到了两个学习的理由。

一是R可以帮助我们避免重复劳动，实现“一劳永逸”的终极梦想。尽管非常不想承认这一事实，在科研的过程中，小仙同学制造出了大量“”的数据(sign…)，但也不得不“绞尽脑汁”、“竭尽全力”地进行花式分析，试图找出合理的解释。这时候用Excel或者Origin作图的劣势就显现出来了，每换一种分析方法或者是数据，我们都需要经过“插入图表”、“调整颜色”、“调整间距”等等繁杂的工序画出一张可以拿去“面圣”的图。小仙同学一想到这些就感觉“累觉不爱”了。

二是R可以自动生成比较貌美的图。不知道大家有没有这样的感受，自己辛辛苦苦画了半天、调整的半天的图会得到真实却很残忍的评价“很丑”（这是小仙同学心中永远的痛）。即使本小仙自以为眼光独特、品味高雅，费劲尝试“”的色系，但搭配出来总是那么不尽人意（实测网红晚晚带火的“莫兰迪色”不适用于科研绘图）。颜色的搭配、饱和度和透明度的调整没有想象中那么容易。折腾了半天，天生就爱不服气的本小仙，后决定还是把专业的事交给专业的人做啦（偷偷告诉你，据说有科学家专门研究paper插图的配色，所以自己画的图没有那么貌美的时候也不要“妄自菲薄”啦）。

好了，叨叨这么多，终于要开始进入正题啦。一开始用R绘图的时候，小仙同学其实是非常痛苦的，因为没有编程基础，又怼了好几年瓶瓶罐罐，看到一行行代码，脑子里飘过的全是“&%¥#@¥$”。尤其是当你有实验要做、报告要写、作业要交的时候，平心静气地坐下来踏踏实实学习真的太难了(有人说小仙同学那么忙是因为效率低，好像真有些道理，我这真是“唉”，有苦说不出)。

后来本小仙的学习策略就非常简单，用到啥就去搜啥，我对数据结构、语法结构一点都不感兴趣，能让我用短的时间内画出我想要的图，就是好的方法。即使这样，小仙同学还是费了一些功夫。因为网上的一些教程，很多都是从别处复制粘贴过来的，本身就不完整。另外一个原因，某些大神觉得自己的教程已经足够通俗易懂了，有些大家都知道的基础知识根本不需要讲（小仙同学不服，有基础的同学不用看教程也可以自己摸索出来，真正需要教程的就是我们这些小白）。

小仙同学愿意尝试一下，把全面、稍作修改就能拿去的方法code分享一下，也不枉费花了那么多的时间。

那就先从violin plot开始吧。

(假设你已经安装了R和RStudio)

Step1. 绘图数据的准备

首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式。

一般我们的数据都是保存在excel文档里，这里建议大家在excel中保存成csv格式，读写的速度会比xlsx快很多。（小仙同学的亲身经验，我的有些数据有两万行，xlsx在我的耐心范围内读不进去，RStudio崩溃）。

数据的格式如下图：一列表示一种变量，行是列名

Step2. 绘图数据的读取

data<-read.csv(“your file path”, header = T) 
#注释：header=T表示数据中的行是列名，如果没有列名就用header=F